税务机关有根据认为纳税人有税务违法行为，或者预先通知有碍检查的，税务机关可能在书面通知的同时实施检查。出现这样的情况，企业在积极配合税务机关做好纳税检查的同时，要正确运用法律赋予纳税人的权利，来维护自己的正当权益。
　　实施税务检查时，稽查人员应当2人以上并出示税务检查证，同时送达《税务检查通知书》，填制文书送达回证。要是检查金融、军工、尖端科学等保密单位时，还应出示《税务检查专用证明》。
　　实施税务检查，需到被查单位开户银行查询被查对象存款帐户时，稽查人员应凭县以上税务局局长审批的《税务机关检查纳税人、扣缴义务人存款帐户储蓄存款许可证明》，到银行支行级会计部门办理签字手续后办理有关手续。需查询税务违法案件涉嫌人员的储蓄存款，须经设区的市以上税务局局长批准。
　　实施税务检查时采取询问方式的，必须有2名以上稽查人员参加，稽查人员询问当事人、证人和利害关系人，要事先向被询问人送达《询问通知书》，同时填制文书送达回证，询问过程中不得对当事人和证人引供、诱供或逼供。询问调查时，应有专人记录，并制作《询问（调查）笔录》，并在询问前告知被询问人不如实提供情况、做伪证、假证应承担的法律责任。询问调查时，可根据实际情况责令当事人，就有关涉税事宜填写《税务案件当事人自述材料》，并由其在自述材料中签章、押印。调查询问结束后，《询问（调查）笔录》应交被询问人核对，被询问人没有阅读能力的，应当向被询问人宣读，核对无误后，由被询问人签章、押印，被询问人拒绝的，应当注明。如果笔录有差错、遗漏，允许被询问人更正或补充，核对无误后，再由被询问人在改动和补充处签章、押印。
　　实施帐务检查时，原则上应在纳税人的业务场所进行，当然也可以责成纳税人将帐簿、记帐凭证、报表和其他有关资料携带到稽查局接受检查。必要时可采取调帐检查，由稽查人员持局长审批的《调取帐薄资料通知书》送达被查单位，填制文书送达回证，将被查对象的帐簿、记帐凭证、报表和有关资料调回稽查局检查。调取帐薄资料时，必须向纳税人开具《调取帐簿资料清单》。调取被查对象以前年度的涉税资料，应在三个月内退还。调取被查对象当年涉税资料的，须经设区的市以上的税务局局长批准，并在30日内退还。
　　调查取证过程中，需要取得证据原件的，可向当事人开具《提取证据专用收据》；不能取得原件的，可以复印、复制或照像，但必需注明原件的保存单位（个人）和出处，由原件保存单位和个人签注“此件由我单位（个人）提供，与原件核对无误”字样，并由其签字、押印。要将空白发票调出查验时，使用局长审批的《调取空白发票收据》；确需对已使用的发票进行查验，并作为重要证据材料使用时，凭局长审批的《发票换票证》办理相关手续。
　　如纳税人存在拒绝检查人员检查、税务稽查实施部门发出《限期提供资料通知书》后拒绝提供财务资料、税务稽查实施部门发出《询问通知书》后拒绝接受询问情况的，经县以上税务局局长批准后，税务稽查实施部门可以要求公安机关协助检查。